Hace millones de años, los Celestiales realizaron experimentos genéticos en los ancestros reptiles de los Skrulls, resultando en tres ramas Skrull que finalmente combatieron entre sí. Los Prime, los Deviants y los Eternals. Finalmente, las tres ramas se enfrentaron entre sí, y la rama desviada, debido a que posee la habilidad innata de cambiar de forma.- triunfaron, y luego eliminaron a todos los miembros de las otras dos razas hasta que solo quedaron dos: Skrull Eterno, Kly'bn y Prime Skrull de la raza original no Deviant Skrull. Kly'bn les suplicó que le perdonaran la vida, ya que matarlo mataría parte de su herencia. El líder de los Deviants, Sl'gur't, eventualmente se enamoró de Kly'bn, y los dos se convirtieron en los dioses del panteón Skrull. Como Kly'bn no pudo cambiar, Sl'gurt se comprometió a nunca mantener la misma forma por mucho tiempo.1​ El Primer Skrull escapó a la Tierra en el siglo XX y más tarde se convirtió en miembro de la Legión Subterránea.2​ A partir de este momento, los Skrulls comenzaron a expandir su territorio. La rama Deviant más tarde se dividió en dos grupos más, los Skrulls modernos y una anomalía conocida como los Fantasmas, una raza parasitaria que todavía podía cambiar de forma y tenía uso de la magia, pero no eran tan avanzados tecnológicamente como los Skrulls.3​

Los Skrulls modernos se originaron en el planeta de Skrulls, y fueron originalmente una civilización mercantil, interesados principalmente en el libre comercio y dispuestos a compartir su tecnología con todas las razas que consideraran dignas. Cuando encontraban una nueva raza, ellos simplemente se transformaban para parecerse a esa raza. El imperio Skrull que resultó de estos contactos estuvo basado en el libre comercio y la cooperación mutua. El imperio es controlado por un Emperador y cada uno de los 978 mundos es controlado por un Gobernador.

Guerra Kree-Skrull
Con el tiempo, los Skrulls desarrollaron viajes espaciales de larga distancia; se llevó a cabo un gran recorrido por el universo, liderado por el Emperador Dorrek, y en una década de viajes no se encontró ninguna civilización considerada superior a los Skrulls. Finalmente, la delegación Skrull llegó al planeta Hala, hogar de los entonces bárbaros Kree y los pacíficos Cotati, y realizaron un concurso para determinar cuál de las dos razas representaría Hala para el Imperio Skrull. Diecisiete miembros de cada raza fueron llevados a diferentes planetoides deshabitados, donde se quedaron con suministros suficientes para un año. Al final de ese período, cualquier grupo que haya hecho más con ellos mismos se adjudicaría como el más digno. Los Kree fueron llevados a la Luna de la Tierra, donde construyeron una gran ciudad, mientras que los Cotati fueron llevados a otro mundo estéril en un sistema solar diferente, y utilizaron sus habilidades para crear un hermoso parque. Al darse cuenta de que los Cotati iban a ganar, los enfurecidos Kree asesinaron a los Cotati. Cuando los Kree revelaron que habían resuelto la cuestión de quién representaría Hala para los Skrulls al destruir a sus rivales, los delegados Skrull se horrorizaron y prometieron que Hala siempre estaría prohibido en el círculo de mundos favorecidos, por lo que también fueron masacrados por los Kree, se hicieron cargo de la nave espacial Skrull a la fuerza, y desarrollaron su propia tecnología a partir de ella.

Debido a las enormes distancias implicadas, pasaron décadas antes de que los Skrulls se enteraran de las actividades de los Kree. Para entonces ya era demasiado tarde. Los Kree ahora estaban lo suficientemente avanzados para atacar a los Skrulls en su hogar. Durante los milenios que siguieron, la agresión de los Kree obligaron a que los Skrulls se convirtieran en una civilización militarista, y eventualmente desarrollaron la viciosa racha necesaria para llevar a cabo una guerra intergaláctica. Toda su cultura fue rehecha en la imagen guerrera. La Guerra Kree-Skrull continuó durante miles de años, con sólo breves interrupciones.4​ El mundo Skrull más tarde se movió de Skrullos al más central Tarnax IV, con su imperio abarcando más de 50 mundos.5​ Los Skrulls también crearon el primer Cubo Cósmico, el cual más tarde se convirtió en el Moldeador de Mundos; el Moldeador relató que, al alcanzar su autoconciencia, atacó a ciegas, destruyendo dos tercios del Imperio Skrull y regresando la civilización a la barbarie (sugiriendo que esto ocurrió antes de que la guerra con los Kree se desatara).6​

El Kree, Ronan el Acusador, arrebató el control del Imperio Kree de la Inteligencia Suprema y atacó a los Skrulls, reavivando las hostilidades. Los Vengadores se involucraron una vez que el Super-Skrull secuestró al Capitán Marvel, ya su vez lucharon contra un Robot Centinela Kree. La Inteligencia Suprema terminó el conflicto inmediatamente al revelarle al aliado de Los Vengadores, Rick Jones, que tiene un enorme potencial mental, que luego es utilizado para congelar a todos los combatientes en el lugar. La Inteligencia Suprema anunció que, mientras los Kree y los Skrulls han alcanzado callejones genéticos sin salida, la raza humana ha mostrado un increíble potencial desaprovechado.7​ Se reveló más tarde que el conflicto produjo un híbrido Kree-Skrull, Hulkling, quien es hijo del entonces romance entre el Capitán Marvel y la Princesa Skrull, Anelle.